La variole, connue dans l’archipel des Mascareignes dès 1729, a été à l’origine de la création en 1898 de l’Institut vaccinogène et antirabique de Tananarive, futur Institut Pasteur de Madagascar (IPM). Le choléra, introduit dans les Mascareignes en 1819, n’atteignit les Comores et Madagascar qu’au cours de l’actuelle pandémie. La peste a sévi dans les ports de Madagascar et des Mascareignes dès 1898. Girard et Robic mirent au point en 1931 à l’IPM le vaccin antipesteux. Les Mascareignes perdirent leur réputation d’Eden avec l’émergence du paludisme en 1841 : il y occupe toujours la première place. La lèpre, connue à La Réunion depuis 1726 reste très présente à Mayotte, à Anjouan et à Madagascar. La leptospirose est un problème de santé publique, sauf à Madagascar et aux Comores. Dengue, infection à virus Chikungunya, fièvre de la Vallée du Rift sont présentes. L’infection à VIH/sida ne pose pas de problème majeur, sauf à Maurice où la contamination est due à l’usage de drogues injectables, qui se développe également aux Seychelles et dans les grandes villes malgaches. Madagascar reste le principal foyer mondial de la chromoblastomycose.