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Conference papers
Comparative genomics and transcriptomics of #Xanthomonas campestris# : Session 3- Physiologie, génétique et génomique des bactéries
Stéphanie Bolot
1
Brice Roux
1
Endrick Guy
2
Nicolas Denance
3, 4
Martine Lautier
2, 5, 6
Emmanuelle Lauber
1
Marie-Françoise Jardinaud
1, 7
Ralf Koebnik
8
Lionel Gagnevin
9
Stéphane Poussier
9
Sebastien Carrere
1
Mathieu Arlat
10, 2
Laurent D. Noël
2
Martine Lautier 2, 5, 6
Author
Emmanuelle Lauber 1
Author
Marie-Françoise Jardinaud 1, 7
Author
Ralf Koebnik 8
Author
Lionel Gagnevin 9
Author
Stéphane Poussier 9
Author
Sebastien Carrere 1
Author IdHAL : sebastien-carrere ORCID : https://orcid.org/0000-0002-2348-0778
Mathieu Arlat 10, 2
Author
Laurent D. Noël 2
Author
1
Interactions plantes-microorganismes et santé végétale (400 Route des Chappes BP 167 06903 SOPHIA ANTIPOLIS CEDEX - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UR0441 (France)
- UNS - Université Nice Sophia Antipolis (... - 2019) (Parc Valrose - BP 2135 - 06103 Nice cedex 2 - France)
- COMUE UCA - COMUE Université Côte d'Azur (2015 - 2019) (Parc Valrose, 28 avenue Valrose 06108 Nice Cedex 2 - France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR6192 (France)
2
LIPM - Laboratoire des interactions plantes micro-organismes (Chemin de Borde-Rouge - BP 27 31326 CASTANET TOLOSAN CEDEX - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR441 (France)
- CNRS - Centre National de la Recherche Scientifique : UMR2594 (France)
3
Unite Mixte Rech 5546, Lab Rech Sci Vegetales (Castanet Tolosan - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
4
Unite Mixte Rech 5546, Lab Rech Sci Vegetales, Ctr Natl Rech Sci (Castanet Tolosan - France)
5
IRHS - Institut de Recherche en Horticulture et Semences (AGROCAMPUS OUEST, UMR1345 IRHS, F-49045 Angers, France - France)
- UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : UMR1345 (France)
- AGROCAMPUS OUEST (Institut Supérieur des Sciences Agronomiques, Agroalimentaires, Horticoles et du Paysage - 65, rue de St Brieuc - CS 84215 - 35042 Rennes cedex - France)
6
UA - Université d'Angers (Université d'Angers - 40 Rue de Rennes, BP 73532 - 49035 Angers CEDEX 01 - France)
8
UMR IPME - UMR - Interactions Plantes Microorganismes Environnement (IRD France-Sud 911, avenue Agropolis BP 64501 34394 Montpellier cedex 5 - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR98 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- UM - Université de Montpellier (163 rue Auguste Broussonnet - 34090 Montpellier - France)
- IRD [France-Sud] - Institut de Recherche pour le Développement : UMR186 (911 avenue Agropolis, BP 64501 34394 Montpellier cedex 5 - France)
9
UMR PVBMT - Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (Faculté des Sciences et techniques - Université de La Réunion 15 avenue René Cassin CS92003 97744 Saint-Denis Cédex 9 pour le Cirad Station de Ligne-Paradis - 7 chemin de l'IRAT - 97410 Saint-Pierre - Réunion)
- IRD - Institut de Recherche pour le Développement (Siège Le Sextant 44, bd de Dunkerque CS 90009 13572 Marseille cedex 02 - France)
- Cirad - Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement : UMR53-2009 (Siège 42, rue Scheffer 75116 Paris - France)
- UR - Université de La Réunion : UMRC53 (15, avenue René Cassin - CS92003 -97744 Saint Denis Cedex 9 - Réunion)
- INRA - Institut National de la Recherche Agronomique : USC1424 (France)
10
UT3 - Université Toulouse III - Paul Sabatier (118 route de Narbonne - 31062 Toulouse - France)
- Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées (41 Allée Jules Guesde, 31000 Toulouse - France)
Abstract : The Xanthomonas campestris species causes different diseases on a wide range of Brassicas and is composed of at least four pathovars (campestris, incanae. raphani. unnamed). This species encompasses both vascular and non-vascular pathogens. A comparative genomic analysis of X campestris diversity was performed at the intraspecific and intrapathovar levels by sequencing more than 40 strains. Structural genome annotation was performed and benefited from deep sequencing of small and large RNAs. This approach allowed the exact determination of transcriptional start sites and the identification of small noncoding RNAs. We also used RNA sequencing to characterize the type III regulon in several strains and could identify novel type 111 effectomes. Core and variable genomes and type 111 effectomes were determined. These results evidenced an unsuspected genomic diversity in this species. The latest progress in this project will be presented. (Texte intégral)
Keywords :
Biologie végétale
Sciences du vivant
Document type :
Conference papers
Domain :
Complete list of metadatas
https://hal.univ-reunion.fr/hal-01456725
Contributor : Réunion Univ <>
Submitted on : Sunday, February 5, 2017 - 8:24:50 PM
Last modification on : Thursday, September 17, 2020 - 3:06:31 AM
Contributor : Réunion Univ <>
Submitted on : Sunday, February 5, 2017 - 8:24:50 PM
Last modification on : Thursday, September 17, 2020 - 3:06:31 AM
Identifiers
- HAL Id : hal-01456725, version 1
Collections
PVBMT | UNIV-REUNION | CNRS | UNIV-ANGERS | UNICE | INRA | UNAM | AGROPOLIS | CIRAD | BA | UNIV-MONTPELLIER | UNIV-COTEDAZUR | UNIV-TLSE3 | FST-REUNION | IRHS | INRAE | AFRIQ
Citation
Stéphanie Bolot, Brice Roux, Endrick Guy, Nicolas Denance, Martine Lautier, et al.. Comparative genomics and transcriptomics of #Xanthomonas campestris# : Session 3- Physiologie, génétique et génomique des bactéries. 11èmes Rencontres Plantes-Bactéries, Feb 2014, Aussoies, France. pp.40. ⟨hal-01456725⟩
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