Les tapis microbiens qui se développent dans des mares saumâtres et hyposalines en pourtour de deux atolls de la Polynésie Française (Rangiroa et Tetiaroa) ont été étudiés intensivement au cours des trois dernières années. Un suivi comparatif de ces tapis (appelés kopara en Polynésien) a montré des similitudes remarquables dans leur composition et leur structure. À cause de l'absence de fer, la couleur des pigments reste visible dans toute la profondeur des tapis (20 à 40 cm de profondeur), avec des alternances de vert, pourpre et rose. Les profils d'oxygène, de sulfure et de redox montrèrent l'anoxie des tapis dès 2 à 3 mm de profondeur. Les analyses des pigments et des lipides bactériens ont montré que tous les tapis consistaient en des couches stratifiées de cyanobactéries (principalement Phormidium, Schizothrix et Scytonema) et de bactéries phototrophes pourpres et vertes. Ces dernières cohabitent avec des bactéries sulfato-réductrices (Desulfovibrio et Desulfobacter) ainsi que d'autres bactéries hétérotrophes. Les observations microscopiques ont montré l'influence de la salinité sur la diversité bactérienne des différents tapis principalement pour les bactéries pourpres non sulfureuses. Des analyses de matériaux organiques et d'exopolymères ont également été réalisées. Les différences et les similitudes entre les tapis sont discutées du point de vue géomorphologique, chimique et microbiologique de façon à fournir des critères de classification des tapis microbiens de Polynésie.