Modélisation en langage Kappa de la dynamique des cellules étoilées hépatiques durant le développement et la réversion de la fibrose - INRIA 2
Thèse Année : 2023

Kappa modeling of hepatic stellate cell dynamics during fibrosis development and reversion

Modélisation en langage Kappa de la dynamique des cellules étoilées hépatiques durant le développement et la réversion de la fibrose

Résumé

Hepatic fibrosis is an excessive scarring response induced by chronic injury. It is characterised by an accumulation of extracellular matrix (ECM), mainly composed of collagen 1 (COL1), which increases tissue rigidity and leads to severe liver dysfunction. Activation of hepatic stellate cells (HSCs), induced by growth factor TGFB1, is the main process underlying liver fibrosis. In order to study the dynamics of HSC during the development and reversion of fibrosis, we have developed a multi-scale model integrating the different states of HSC as well as their production of COL1, under the influence of TGFB1. This model is implemented using the Kappa language, which is a rewriting language for site graphs. As well as being the first multi-scale Kappa model, this model allowed us to capture the plasticity of star cells during the development and reversion of fibrosis. The model's predictions show that the inactivation state of HSC plays an essential role in the development of fibrosis. The model was validated by new experiments in mice and the predictions were validated with RNAseq data from fibrotic patients.
La fibrose hépatique est une réponse de cicatrisation excessive induite par des lésions chroniques. Elle se caractérise par une accumulation de matrice extracellulaire (MEC), principalement constituées de collagène 1 (COL1), qui augmente la rigidité des tissus et entraîne un grave dysfonctionnement du foie. L'activation des cellules étoilées du foie (CEF), induite par le facteur de croissance TGFB1, est le principal processus à l'origine de la fibrose hépatique. Afin d'étudier la dynamique des CEF durant le développement et la réversion de la fibrose, nous avons développé un modèle multi-échelle intégrant les différents états des CEF ainsi que leur production de COL1, sous influence du TGFB1. Ce modèle est implémenté avec le langage Kappa, qui est un langage de réécriture de graphes à sites. En plus d'être le premier modèle multi-échelle de Kappa, ce modèle nous a permis de capturer la plasticité des cellules étoilées durant le développement et la réversion la fibrose. Les prédictions du modèle montrent que l'état d'inactivation des CEF joue un rôle essentiel dans le développement de la fibrose. Le modèle a été validé par de nouvelles expériences chez la souris et les prédictions ont été validées avec des données de RNAseq chez des patients fibrotiques.
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  • HAL Id : tel-04388949 , version 1

Citer

Matthieu Bouguéon. Modélisation en langage Kappa de la dynamique des cellules étoilées hépatiques durant le développement et la réversion de la fibrose. Modélisation et simulation. Université de Rennes (2023-..), 2023. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04388949v1⟩

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