Dans un contexte mondial de préoccupation sur la durabilité des pêcheries et dans un contexte local de raréfaction des ressources marines, mieux appréhender les facteurs responsables de la répartition des ressources disponibles à différentes échelles est un prérequis crucial à la mise en place d’un système de gestion intégrée, dite écosystémique, des pêches. A La Réunion, la pêcherie locale est encore mal connue et les récentes attaques de requins mettent encore plus en exergue le manque de connaissances fondamentales sur le fonctionnement des réseaux trophiques. L’objectif général de cette thèse est d’étudier les relations alimentaires entre différents prédateurs d’intérêt local, appartenant à plusieurs compartiments écologiques. L’échantillonnage, réalisé entre janvier 2012 et décembre 2014 en partenariat avec la filière pêche, s’est concentré sur les principales espèces d’intérêt commercial ou en interactions avec les pêcheries (captures accessoires et déprédateurs). La détermination des sources de matière organique dont elles dépendent, de leurs relations interspécifiques, ainsi que des facteurs de variation de leurs alimentations, a été réalisée grâce à l’analyse des isotopes stables du carbone (δ13C) et de l’azote (δ15N), ainsi que celle des contenus stomacaux. Les résultats montrent une grande disparité entre espèces capturées en surface et celles capturées entre profondeur.Bien qu’associées au substrat, les espèces profondes (100-600m) dépendent indirectement de la production primaire de surface via leurs proies qui effectuent des migrations verticales dans la colonne d’eau. Cette dépendance aux organismes mésopélagiques induit un chevauchement alimentaire globalement important entre ces espèces, atténué par l’occupation de zones bathymétriques différentes. Leurs régimes alimentaires semblent très dépendant de leur habitat, avec une distinction entre la côte est et la côte ouest de l’île, probablement en lien avec des conditions courantologiques différentes. Leurs compositions isotopiques sont quant à elles fortement influencées à la fois par des facteurs environnementaux et intrinsèques, indiquant l’existence de modifications de leur régime alimentaire au cours de leur développement en lien avec les cycles de reproduction. La grande diversité du régime alimentaire de la plus petite espèce, Pristipomoides argyrogrammicus, a probablement favorisé le développement de celle-ci dont l’abondance augmente dans les captures, ce qui constitue une tendance inverse de celles des autres espèces.Concernant les espèces de surface, celles-ci se répartissent selon un gradient côte-large, formant trois groupes aux régimes alimentaires distincts. Le requin bouledogue (Carcharhinus leucas) et la carangue grosse tête (Caranx ignobilis) exploitent des ressources similaires à proximité de la côte, tandis que le requin tigre (Galeocerdo cuvier) s’alimente sur le bord du plateau insulaire. La dorade coryphène (Coryphaena hippurus) et le thon banane (Acanthocybium solandri) présentent une forte spécialisation sur un nombre limité de familles de proies, consommant majoritairement des stades pélagiques post-larvaires d’espèces côtières. Le δ13C mesuré dans le sang de C. leucas suggère des variations saisonnières de la distance à la côte de ses zones d’alimentation, certainement en lien avec son cycle biologique. Les requins tigre semblent former une population homogène constituée d’individus généralistes tandis que les requins bouledogue forment une population hétérogène d’individus spécialisés sur des ressources différentes.Ces résultats indiquent qu’une approche centrée sur l’habitat conviendrait à la gestion des espèces profondes, tandis qu’une approche centrée sur les espèces serait plus efficiente pour les espèces de surface.